1、分級儲藏。

   棉籽的耐儲性與收獲期有很大關系。霜降前收獲的棉籽較易保管；霜降后收獲的棉籽不宜長期儲藏。因此，這兩種棉籽要盡可能分開儲藏。此外，棉籽還應根據水分高低分級儲藏。棉籽的安全水分冬季為14%，春秋季為13%，夏季為12%。

   通常水分12%以下的棉籽，在冬季趁低溫堆垛或入倉，可較長期儲藏；水分12--13%的棉籽，一般只宜短期儲藏，而且必須加強檢查，掌握堆內溫度變化情況，如有發熱現象，要及時加工或通風、曝曬、降溫散熱。

   2、不同棉籽分別儲藏。

   毛棉籽具有較高的抗潮、抗壓及密閉性能，可以進行露天儲藏，但脫絨棉或種用棉籽，仍以庫內儲藏為宜。

   ①毛棉籽露天儲藏：毛棉籽露天儲存，要選擇好地基（地勢高，通風排水良好），因地制宜做好垛底鋪墊工作，并將棉籽水分降至12%以下，然后選擇氣溫較低的天氣進行堆垛。堆垛的形狀，一般底部為長方形，上部為橢圓形。大垛可儲存棉籽20萬公斤，小垛約儲存棉籽8--10萬公斤（每立方米毛棉籽約260公斤）。

   棉籽露天不苫蓋儲藏，根據湖北省棉區的經驗，從10至12月，一般保持原有垛溫，第二年1--2月垛溫逐漸下降，3--4月逐漸隨氣溫回升，但上升緩慢，從第一年10月至第二年4月為安全期，5月就開始進入不安全期。在儲藏期間，棉籽水分變化很小，雨后檢查，一般僅表層棉籽透濕1--2粒，天氣轉晴，水分很快蒸發。但須注意的是垛面由于受雨，經過干濕變化，容易變松，鳥雀取食，也易造成垛面不平整，故須在儲藏期間經常檢查，在風雨天后更應注意檢查，發現變形，應及時拍打平整堅實，以防雨水浸入。

   ②脫絨棉籽（光籽）由于皮殼受損，防潮性差，易受外界環境影響，一般不宜直接露天存放，但可采用脫絨棉籽堆垛外圍覆蓋毛棉籽的方法露天儲存，但對發芽率稍有影響，在實踐中如嚴格控制棉光籽水分在10--12%，趁低溫季節堆垛，并加強管理，保持垛身緊密無縫，是能保持脫絨棉籽在露天安全儲藏的。

   ③露天儲藏的注意事項：在露天儲藏過程中，要隨時注意保持垛面堅實光滑，防止漏雨及鳥雀取食使垛變松。在梅雨季節，要做好防潮、防漏工作。同時要加強檢查，注意垛溫變化。檢測垛溫時，溫度計要自下而上斜插入垛內，使洞口向下，防止雨水浸入。如遇局部發熱、局部浸水時，可將棉籽局部挖出處理，然后用干棉籽填補挖出的洞口，而且必須與原垛棉籽結成一整體，并拍打結實，保持垛面緊密、平整、光滑。如垛溫高出氣溫，全垛有發熱趨勢，即應進行處理。處理的方法，冬季可進行倒垛，春季可利用晴天早晚倒垛通風，夏季可進行灌包碼通風垛或提前發出加工。干燥棉籽容易自燃，保管中要注意防火，防止在密閉的情況下棉籽堆內產生的熱量不易散發，逐漸積聚達到一定溫度而自燃。故在大型棉籽垛中最好埋設一些編織的通風籠，，以利于散熱降溫，防止自燃。此外，還要做好防蟲防鼠工作，棉籽儲藏期間的主要害蟲是棉花紅鈴蟲，能降低棉籽的出油率，是檢疫對象，發現蟲害后可用磷化鋁進行熏蒸處理。另外發現老鼠危害，應用滅鼠劑進行防治。